甲公司诉乙公司合同纠纷案，南山市S县法院进行了审理并作出驳回甲公司诉讼请求的判决，甲公司未提出上诉。判决生效后，甲公司因收集到新的证据申请再审。下列哪些选项是正确的？
甲公司应当向S县法院申请再审
甲公司应当向南山市中级法院申请再审
法院应当适用一审程序再审本案
法院应当适用二审程序再审本案